個人事業主のときの所得が20万円を超える場合の確定申告
個人事業主のときに青色申告を行っていた場合は、青色申告、白色であれば白色申告を行います。それぞれ、帳簿や経費の領収書などの提出義務はありませんが、保管期間が定められていますので、捨てずに保管しておきましょう。
個人事業主のときの所得が20万円以下で確定申告が必要なケース
基本的には所得が20万円以下であれば確定申告は必要ありませんが、以下の場合には確定申告を行うことにより、支払った所得税が還付される可能性がありますので、確定申告を行いましょう。
個人事業主の収入が赤字だった場合
通常、赤字（損失）には課税されませんが、個人事業主時代に赤字があって廃業した場合、会社員の給与にはその赤字が反映されず課税されてしまいます。しかし、確定申告を行えば不動産所得・事業所得・山林所得・譲渡所得の赤字は、会社の給与から差し引くこと（損益通算）が出来ます。
個人事業主のときの収入を、事業所得として申告している場合には会社の給与からマイナスすることが出来るので、忘れずに確定申告を行いましょう。
各種控除の適用が受けられる場合
個人事業主のときの所得が20万円以下で、会社で年末調整が行われている場合でも、下記の控除は年末調整が行われませんので自分で申告を行い、支払った税金を還付してもらわなければなりません。
・雑損控除（災害などで自宅などが被害を受けた場合）
・医療費控除（10万円、もしくは所得の5％のいずれか低い額を超えた医療費）
・寄付金控除
・政党等寄付金特別控除
・住宅耐震改修特別控除 など
会社員の所得が2,000万円を超える場合
所得が2,000万円を超えると、会社は源泉徴収を行うことが出来ませんので、自分で確定申告を行わなければ各種控除を受けることが出来ません｡
医療費控除や雑損控除に加えて、生命保険料控除や住宅ローン控除なども自分で申告しなければならないので、必要な書類を揃えておきましょう。
個人事業主から会社員になる際の注意点
個人事業主として青色申告を行っていた人が、会社員になった場合は、「個人事業の開廃業等届出書」を提出しなければなりません。さらに、青色申告を取りやめる場合は「青色申告の取りやめ届出書」も提出しましょう。また、消費税を納めていた場合は「事業廃止届出書」も提出しなければなりません。
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